에이프로젠 최대주주 지분율 85% 육박, 200억 CB로 M&A 실탄 마련

에이프로젠 최대주주인 지베이스와 특별관계자의 지분율이 84.98%로 올랐다. 전환사채(CB) 전환가액 조정과 계열사의 신규 CB 인수가 겹치면서 지분 구조가 한층 공고해진 모양새다. 이번 변동의 이면에는 그룹 차원의 전략적 자금 조달과 공격적인 인수합병(M&A) 준비가 깔려 있다.

계열사 동원한 200억 원 CB 발행 구조

23일 금융감독원 전자공시시스템에 따르면 지베이스는 에이프로젠 주식등의 대량보유상황보고서를 제출했다. 보고서 기준 지베이스와 특별관계자의 보유 주식 등은 9741만334주로, 직전 보고서(84.08%)보다 0.90%포인트 상승한 84.98%를 기록했다. 특별관계자도 직전 10명에서 11명으로 늘어 에이프로젠파마가 새로 포함됐다.

핵심은 제35회차 CB 발행이다. 엔투텍이 100억 원, 앱토크롬이 70억 원, 에이프로젠파마가 30억 원을 각각 출자해 총 200억 원 규모의 CB를 인수했다. 전환가액은 2396원이다. 엔투텍은 CB 발행으로 자금을 마련했고, 앱토크롬과 에이프로젠파마는 보유 자금을 활용했다. 이 밖에 앱토크롬은 29회차·25회차·27회차 CB의 전환가액 조정으로 보유 CB가 늘었고, 25회차 CB 일부를 장외 매도했다. 엔투텍 역시 31회차 CB 전환가액 조정과 35회차 CB 인수로 보유 CB가 684만3849주 상당으로 증가했다.

의결권 있는 발행주식총수는 2565만15주로, 직전 보고서(2482만5953주)보다 82만4062주 늘었다. 전환 청구에 따른 주식 수 증가가 반영된 결과다. 지베이스는 경영권 영향 목적을 밝히며 관계 법령이 허용하는 범위에서 주주로서 권리를 행사할 예정이라고 적었다.

외부 희석 없는 내부 자금 순환 전략

국내 금융투자업계에서는 이번 자금 조달 구조를 고도의 재무 전략으로 평가한다. 계열사 세 곳에서 모은 200억 원이 모회사 에이프로젠의 CB를 거쳐 자회사 에이프로젠바이오로직스의 제3자배정 유상증자에 전액 투입되는 흐름이기 때문이다. 외부 자금 수혈 없이 내부 계열사를 활용해 85%에 가까운 지배력을 유지하면서 신성장 동력을 확보하려는 의도로 읽힌다.

에이프로젠바이오로직스가 확보한 자금은 베노티앤알 등 타법인 경영권 인수와 신사업 확장을 위한 실탄으로 쓰일 전망이다. 에이프로젠은 오송 하이브리드 CDMO(위탁개발생산) 공장 확장을 통해 글로벌 의약품 공급망의 대체 거점으로 자리매김하고 있으며, 자회사 앱튼을 통해 면역세포 증폭제 신약 물질 버릭사포(GPC-100)의 글로벌 배타적 독점권도 확보한 상태다. 글로벌 시장조사기관 마켓앤마켓은 2026년 9월 보고서에서 에이프로젠을 산도스·화이자·암젠·셀트리온과 함께 글로벌 바이오시밀러 시장의 핵심 기업으로 꼽았다.

340% 오버행과 성장 사이 갈림길

다만 자본시장의 시선이 마냥 우호적이지만은 않다. 에이프로젠의 기존 미상환 CB(25회~34회차)를 포함한 전환 가능 주식 수 합계는 약 8726만 주로, 기발행주식 총수 대비 340.2%에 달한다. 향후 주가 변동에 따른 전환가액 재조정(리픽싱)과 대규모 주식 전환 청구가 이뤄질 경우 일반 주주의 지분 가치 희석과 주가 변동성 확대가 불가피하다.

반면 중장기 성장 시나리오도 열려 있다. 에이프로젠바이오로직스의 M&A가 성공적으로 마무리돼 포트폴리오가 다각화되고, 미국의 대중국 바이오 규제 강화에 따른 반사이익으로 오송 CDMO 공장이 대규모 글로벌 수주를 확보한다면 매출의 도약적 성장이 가능하다. 마켓앤마켓에 따르면 글로벌 바이오시밀러 시장은 2026년 373억9000만 달러(약 50조 원)에서 2036년 707억9000만 달러(약 94조 원)로 연평균 6.6% 성장할 것으로 전망된다. 버릭사포의 글로벌 임상 성과가 가시화될 경우 단순 위탁생산 기업을 넘어 글로벌 신약 개발사로 기업 가치가 재평가될 여지도 남아 있다.